晚期卵巢癌新輔助化療前后血液ctDNA值變化與預(yù)后有何關(guān)聯(lián)？
文章來源：健康界發(fā)布日期：2025-03-04瀏覽次數(shù)：10 本研究旨在評估在CHIVA試驗(yàn)（NCT01583322）納入的晚期上皮性卵巢癌（EOC）患者中，診斷時(shí)（T0）循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）檢測，以及新輔助化療（NACT）一個周期后（T1）ctDNA早期下降的預(yù)后影響。在T0和每次NACT給藥前采集血液樣本。通過NGS檢測ctDNA。進(jìn)行多變量分析。p值小于0.05被認(rèn)為具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。比較根據(jù)ctDNA動態(tài)變化特征劃分的不同組別的無進(jìn)展生存期（PFS）和總生存期（OS）。使用Cox生存模型尋找與PFS和OS相關(guān)的變量，通過Kaplan-Mayer曲線展示PFS和OS差異。采用對數(shù)秩檢驗(yàn)比較兩條曲線。共納入188例患者。168例患者在T0時(shí)有血液樣本，160例患者在T0和T1時(shí)均有血液樣本，可以評估ctDNA比率的動態(tài)變化。在T0時(shí)，107例患者（63.7%）檢測到ctDNA。在T1時(shí)，137例（85.6%）患者的ctDNA呈陰性或下降超過80%。ctDNA比率的早期下降與較優(yōu)的PFS（p = 0.0017）和OS（p = 0.0036）相關(guān)。ctDNA比率的有利下降與能夠進(jìn)行腫瘤細(xì)胞減滅術(shù)（CRS）的可能性更高相關(guān)（OR：3.94（95%置信區(qū)間1.45-10.70），p = 0.0074）。ctDNA比率的早期下降能夠在患者管理早期提供預(yù)后信息，有助于為患者提供更準(zhǔn)確的信息，為CRS（預(yù)康復(fù)）做早期準(zhǔn)備。
研究背景
上皮性卵巢癌（EOC）是全球女性中第八大常見癌癥。一線治療方案基于鉑類化療聯(lián)合腫瘤細(xì)胞減滅術(shù)（CRS），隨后使用貝伐珠單抗或聚（ADP-核糖）聚合酶（PARP）抑制劑進(jìn)行維持治療。CRS后無肉眼可見殘留病灶是一個重要的預(yù)后因素。在疾病確診后，盡早識別預(yù)后標(biāo)志物對于個性化治療和確定治療順序至關(guān)重要。
血漿或血清中可能含有少量的游離DNA（cfDNA），一種雙鏈、高度片段化的DNA，血漿半衰期極短，約為16分鐘。其存在是生理現(xiàn)象，但在腫瘤進(jìn)展過程中其濃度增加。實(shí)際上，這種cfDNA的一部分至少部分來源于腫瘤。在cfDNA中可以檢測到特定的腫瘤基因變化（如突變）或表觀遺傳變化（如甲基化），這些變化可以界定循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）的比例。癌癥患者中ctDNA比例的差異很大，占cfDNA的不到0.1%到超過90%不等，并且在包括EOC在內(nèi)的不同類型癌癥患者的血漿中都檢測到了ctDNA。
很少有研究探索了ctDNA在EOC中的預(yù)后或預(yù)測作用。有報(bào)道稱，CRS前高ctDNA水平是癌癥特異性死亡的獨(dú)立預(yù)測因素。由于ctDNA在外周血中易于獲取，它不僅在診斷時(shí)是一種有吸引力的生物標(biāo)志物，還可用于監(jiān)測殘留疾病的分子演變或預(yù)測復(fù)發(fā)。它能為指導(dǎo)患者治療提供有價(jià)值的信息，在臨床上具有廣泛的應(yīng)用。
本研究旨在評估在前瞻性CHIVA II期試驗(yàn)納入的晚期EOC患者中，診斷時(shí)ctDNA檢測和定量，以及NACT一個周期后其早期下降對預(yù)后的影響。
研究方法
CHIVA試驗(yàn)是一項(xiàng)隨機(jī)雙盲安慰劑對照II期試驗(yàn)（NCT01583322 ARCAGY-GINECO GROUP GINECO-OV119）。入組的晚期EOC患者在間歇性CRS前接受3-4個周期的治療，然后進(jìn)行3-4個周期的輔助治療，隨后使用尼達(dá)尼布或安慰劑（隨機(jī)2:1）進(jìn)行長達(dá)2年的維持治療。在診斷時(shí)和每次NACT給藥前采集血液樣本。從血漿中提取游離DNA。通過下一代測序（NGS）檢測循環(huán)腫瘤DNA，使用經(jīng)過驗(yàn)證的熱點(diǎn)panel，涵蓋KRAS、EGFR、BRAF、PIK3CA、AKT1、ERBB2、PTEN、NRAS、STK11、MAP2K1、ALK、DDR2、CTNNB1、MET、TP53、SMAD4、FBXW7、FGFR3、NOTCH1、ERBB4、FGFR1和FGFR2基因的500多個熱點(diǎn)突變。使用ctDNA致病變異的等位基因分?jǐn)?shù)（VAF）來評估ctDNA的濃度及其在一個周期NACT后的變化。正如在結(jié)直腸癌研究中已發(fā)表的那樣，選擇T1（NACT一個周期后）和T0（診斷時(shí)）之間ctDNA比率下降80%或更多作為閾值，界定復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)低或高的人群。
研究結(jié)果
在納入CHIVA研究的188例患者中，168例患者在T0時(shí)有用于診斷檢測和ctDNA定量的血液樣本，160例患者在T0和T1時(shí)均有樣本，可以評估ctDNA動力學(xué)的臨床價(jià)值。
診斷時(shí)ctDNA檢測
在T0時(shí)，我們確定了兩類患者群體，一類是檢測到ctDNA的患者（n=107，63.7%），另一類是未檢測到ctDNA的患者（n=61，36.3%）。這兩類群體的特征見表1。在T0時(shí)檢測到ctDNA的組中，腫瘤攜帶BRCA突變的患者更多（18例（16.8%）vs 6例（9.8%），p=0.01）。
通過對數(shù)秩檢驗(yàn)比較"ctDNA組"和"無ctDNA組"患者的生存狀況，結(jié)果顯示在無進(jìn)展生存期（PFS）（p=0.7）和總生存期（OS）（p=0.5）方面均無差異。為了確定T0時(shí)ctDNA比率的預(yù)后價(jià)值，我們使用了多變量Cox模型，考慮了其他假定的預(yù)后因素（單變量分析中p<0.05）。T0時(shí)的ctDNA作為連續(xù)變量或二元變量分析。診斷時(shí)ctDNA比率作為連續(xù)變量，與PFS（風(fēng)險(xiǎn)比（HR）：1.02，置信區(qū)間（CI）[1-1.04]，p=0.05）和OS（HR：1.01，CI[0.99-1.04]，單變量分析中p=0.3，未納入多變量分析）均無關(guān)聯(lián)。當(dāng)根據(jù)T0時(shí)是否檢測到ctDNA，或根據(jù)ctDNA值低于（低）或高于（高）其中位值對患者組進(jìn)行比較時(shí)，診斷時(shí)ctDNA與PFS或OS均無關(guān)（表2）。在分析中引入BRCA腫瘤狀態(tài)后，我們觀察到不同的OS（對數(shù)秩檢驗(yàn)，p=0.0062），但在PFS方面無差異（對數(shù)秩檢驗(yàn)，p=0.2）。BRCA突變腫瘤患者的生存期長于非BRCA突變患者，無論T0時(shí)是否存在ctDNA。
新輔助化療一個周期后ctDNA的早期下降
選擇T1和T0之間ctDNA比率下降80%或更多作為界定低或高復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)人群的閾值（比較T1時(shí)未檢測到ctDNA的患者群體vs仍檢測到ctDNA的患者群體）。使用該標(biāo)準(zhǔn)，我們定義了兩組患者。第一組是在T1時(shí)ctDNA呈陰性或下降超過80%的患者（"下降組"，n=137，85.6%），第二組是在T1時(shí)ctDNA穩(wěn)定或下降小于80%的患者（"穩(wěn)定組"，n=23，14.4%）。兩組患者的特征及其比較見表3。"穩(wěn)定組"的患者年齡更大（68（53-79）歲vs 63（31-79）歲，p=0.004），"下降組"中有更高比例的患者適合進(jìn)行CRS（73.7% vs 47.8%，p=0.02）。
為了確定ctDNA早期下降的預(yù)后價(jià)值，我們使用了多變量Cox模型，考慮了其他假定的預(yù)后因素（單變量分析中p<0.05）。結(jié)果顯示，其與初始FIGO分期、年齡、分級、組織學(xué)或BRCA腫瘤突變狀態(tài)以及PFS或OS均無關(guān)。與更好的PFS相關(guān)的因素是接受了CRS和屬于"下降組"（HR：1.68，CI[1.03-2.74]，p=0.02）。與更好的OS相關(guān)的因素是初始PCI值（即診斷時(shí)的腹膜腫瘤負(fù)荷）、接受了CRS和屬于"下降組"（HR：1.83，CI[1.02-3.26]，p=0.043，表4）。在NACT背景下，雖然"手術(shù)"這一變量在診斷時(shí)未知，但研究證實(shí)無肉眼可見殘留病灶的CRS是決定性的預(yù)后因素，因此我們可以推測，ctDNA值下降是與更好的PFS和OS相關(guān)的預(yù)后因素，并且能夠在患者管理早期提供預(yù)后信息。
通過對數(shù)秩檢驗(yàn)比較"下降組"和"穩(wěn)定組"的PFS和OS，結(jié)果顯示在T1時(shí)ctDNA比率早期下降與較優(yōu)的PFS（p=0.0017）和OS（p=0.0036）相關(guān)。
在該隊(duì)列中，117例有血漿用于ctDNA分析的患者知曉腫瘤BRCA突變狀態(tài)。其中102例患者屬于"下降組"?？紤]腫瘤BRCA狀態(tài)并根據(jù)ctDNA值早期下降情況分層的生存曲線表明，預(yù)后佳的患者是ctDNA比率下降且腫瘤攜帶BRCA突變的患者，其次是ctDNA比率下降但未攜帶BRCA突變的患者（PFS有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異，p=0.00015；OS有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異，p=0.0052）。僅有1例腫瘤攜帶BRCA突變的患者未表現(xiàn)出有利的ctDNA動力學(xué)變化。
有利的ctDNA比率下降與能夠進(jìn)行CRS的可能性更高相關(guān)（OR：3.94（95%CI 1.45-10.70），p=0.0074）。
討 論
本研究探索了在晚期EOC患者中，診斷時(shí)ctDNA以及NACT一個周期后其早期動態(tài)變化的預(yù)后影響。我們發(fā)現(xiàn)，ctDNA比率的早期下降是與更好的PFS、OS，以及更高的CRS實(shí)施可能性相關(guān)的預(yù)后因素。因此，它能在患者管理早期提供預(yù)后信息，有助于為患者提供更精的信息，為CRS（預(yù)康復(fù)）做好早期準(zhǔn)備。
在EOC及多種腫瘤類型中，ctDNA的早期下降是對系統(tǒng)治療有反應(yīng)的生物標(biāo)志物，尤其在接受免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療的患者中（但并非僅限于此類患者），它往往先于影像學(xué)緩解或腫瘤縮小。ctDNA比率的早期下降，可能是由于化療的早期細(xì)胞抑制作用，抑制了細(xì)胞生長，進(jìn)而導(dǎo)致ctDNA減少或陰性。一些研究聚焦于EOC診斷時(shí)ctDNA檢測，在本研究中，診斷時(shí)ctDNA狀態(tài)與PFS或OS無關(guān)。然而，Lu等人對八項(xiàng)研究（627名患者）進(jìn)行的新薈萃分析表明，ctDNA檢測與OS（風(fēng)險(xiǎn)比（HR）=2.36，95%置信區(qū)間[1.76, 3.17]）和PFS（HR=2.51，95%置信區(qū)間[1.83, 3.45]）均相關(guān)。本研究的主要結(jié)果是，對于晚期EOC患者，T1時(shí)ctDNA比率的下降與較優(yōu)的PFS（對數(shù)秩檢驗(yàn)，p=0.0017）和OS（對數(shù)秩檢驗(yàn)，p=0.0036）相關(guān)。僅有少數(shù)研究探索了接受NACT治療的EOC患者ctDNA下降的預(yù)后價(jià)值。部分結(jié)果與本研究一致，盡管納入的患者數(shù)量較少，提示ctDNA可以作為治療反應(yīng)（即化療敏感性）的預(yù)測生物標(biāo)志物。Parkinson等人報(bào)告，NACT一個周期后，檢測到的TP53突變的VAF下降超過60%，是PFS的獨(dú)立影響因素（p=0.008）。Kim等人指出，化療結(jié)束三個月后，ctDNA比率對PFS具有預(yù)后價(jià)值（p=0.038），且與CA125相比，其影響。CA125是目前應(yīng)用廣泛的生物標(biāo)志物，已知它是EOC的獨(dú)立預(yù)后因素和早期復(fù)發(fā)的預(yù)測指標(biāo)。此外，基于一線化療期間CA125動態(tài)變化的KELIM CA125評分，也已成為一種預(yù)后因素。然而，CA125在許多其他癌癥和炎癥性疾病中也會升高。一些研究在EOC中對ctDNA和CA125進(jìn)行了比較，Hou等人發(fā)現(xiàn)，與CA125（p=0.113）不同，ctDNA能夠預(yù)測接受手術(shù)和化療的EOC患者的復(fù)發(fā)情況（p=0.001）。利用CHIVA研究數(shù)據(jù)對KELIM CA125進(jìn)行的研究已發(fā)表。ctDNA的半衰期較短，因此與KELIM CA125相比，它能在特定時(shí)間提供關(guān)于疾病進(jìn)展的不同信息。在本研究中，ctDNA的優(yōu)勢在于化療一個周期后就能提供信息，而KELIM CA125代表的是100天內(nèi)連續(xù)三個樣本中CA125下降率。由于ctDNA比率取決于腫瘤負(fù)荷，其下降可能是替代CA125，用于更早識別對化療敏感、適合進(jìn)行間歇性CRS患者的指標(biāo)。我們認(rèn)為，未來ctDNA研究將為KELIM CA125研究提供補(bǔ)充信息，尤其是在定性方面，并且檢測技術(shù)將進(jìn)一步改進(jìn)，特別是在特異性方面，從而使其更廣泛地應(yīng)用和推廣。
ctDNA檢測日益受到關(guān)注，因?yàn)樗鳛橐环N理想的非侵入性癌癥生物標(biāo)志物，具有診斷價(jià)值，可以識別特定體細(xì)胞突變和適合靶向治療的突變。因此，以非侵入性方式早期鑒定突變，有助于確定初始治療方案，例如BRCA突變狀態(tài)，目前這對于PARP抑制劑治療決策至關(guān)重要。在本研究中，腫瘤攜帶BRCA突變且NACT一個周期后ctDNA下降的患者預(yù)后佳（對數(shù)秩檢驗(yàn)，p=0.00015）。有趣的是，一些研究表明，通過液體活檢發(fā)現(xiàn)回復(fù)突變，有助于解釋EOC中規(guī)定治療無效、鉑耐藥或復(fù)發(fā)的現(xiàn)象。這些結(jié)果都支持，液體活檢能夠提供定量和定性的綜合信息，有助于探討治療策略，并且可能是識別預(yù)后佳患者的替代方法。此外，獨(dú)立于化療敏感性，ctDNA檢測還可用作定性遺傳或表觀遺傳數(shù)據(jù)的生物標(biāo)志物。ctDNA的一個預(yù)期應(yīng)用是早期識別復(fù)發(fā)的發(fā)生。該生物標(biāo)志物的應(yīng)用領(lǐng)域廣泛，不僅限于鉑敏感和耐藥理念。隨著技術(shù)的發(fā)展，其應(yīng)用將不斷拓展，不過其具體應(yīng)用場景仍有待明確。
ctDNA比率通常與腫瘤負(fù)荷和分期相關(guān)。在診斷時(shí)，我們觀察到ctDNA組中腫瘤攜帶BRCA1/2突變的患者比例較高。然而，ctDNA比率與BRCA1/2突變之間的關(guān)聯(lián)與ctDNA檢出情況無關(guān)（至少在技術(shù)層面上），因?yàn)锽RCA1/2突變與TP53突變共存，但在TP53突變組中占比不高。無論診斷時(shí)是否檢測到ctDNA，腫瘤攜帶BRCA突變的患者總生存曲線都更好。這一觀察結(jié)果與BRCA突變患者對化療更敏感、預(yù)后更好的結(jié)論一致。
我們使用實(shí)驗(yàn)室現(xiàn)有的panel分析樣本，檢測ctDNA，這意味著我們的生物信息學(xué)流程和濕實(shí)驗(yàn)工作流程是針對ctDNA的。該流程能夠檢測0.5% VAF的單核苷酸變異和0.1% VAF的大片段插入或缺失，并且該檢測過程已獲得法國檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)（COFRAC 15189）對ctDNA檢測的認(rèn)證。我們使用NGS技術(shù)檢測并比較了T0和T1時(shí)ctDNA的VAF。因此NGS技術(shù)在大多數(shù)卵巢癌研究中應(yīng)用，因?yàn)樯婕皬V泛的突變，尤其是TP53突變，使得靶向分析較為困難。在高別漿液性EOC中，TP53是ctDNA識別的準(zhǔn)確標(biāo)志物，因?yàn)槌^90%的腫瘤存在TP53突變。傳統(tǒng)的NGS流程靈敏度閾值在1%左右。在本研究中，通過BPER生物信息學(xué)分析的驗(yàn)證，我們能夠?qū)GS技術(shù)的靈敏度閾值降低至0.3-0.1%的VAF，從而減少了假陰性結(jié)果的數(shù)量。然而，對于非TP53突變的腫瘤，所使用的panel在檢測ctDNA方面的作用可能有限。在本研究中，有7個樣本存在其他基因突變（BRAF、KRAS、SMAD4、PIK3CA、ERBB2、NRAS）。我們的研究目的并非識別BRCA1/2突變。實(shí)際上，將BRCA1/2作為ctDNA標(biāo)志物存在一個問題，即在大多數(shù)情況下，BRCA1/2突變并非體細(xì)胞事件，因此非腫瘤特異性。對于攜帶胚系BRCA突變的患者，血漿中始終能檢測到該變異，無論ctDNA是否存在。
盡管如此，在EOC中，更大的panel可能包括了BRCA1/2突變或特定的甲基化標(biāo)志物，以提高檢出率。多個研究團(tuán)隊(duì)對參與致癌過程的表觀遺傳修飾進(jìn)行了研究，揭示了腫瘤類型特異性的特征。甲基化是指在DNA的胞嘧啶核苷酸上添加甲基基團(tuán)的過程，由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶催化。甲基化程度越高，由于核小體的壓縮，基因轉(zhuǎn)錄就越少。在EOC研究中，一篇綜述指出，甲基化譜在檢測ctDNA方面比單一標(biāo)志物分析表現(xiàn)更優(yōu)。用于檢測EOC患者ctDNA的通用腫瘤特異性甲基化標(biāo)志物仍需進(jìn)一步驗(yàn)證。然而，在31%的散發(fā)性EOC患者中發(fā)現(xiàn)了BRCA1基因啟動子甲基化，這也可被視為評估EOC中ctDNA的有價(jià)值標(biāo)志物。DNA甲基化模式還有可能在臨床確診多兩年前識別EOC，提示該方法有望作為EOC的篩查工具。
鑒于該技術(shù)的靶向性，它需要特定于卵巢癌的甲基化特征信息。雖然甲基化特征在幾種癌癥（尤其是消化道和肺癌）中已得到驗(yàn)證，但據(jù)我們所知，目前在卵巢癌中尚無經(jīng)過驗(yàn)證的特征。檢測方法不斷發(fā)展，使用基于外顯子測序的腫瘤信息，選擇一組腫瘤特有的變異，監(jiān)測ctDNA，提高了檢測準(zhǔn)確性。這些方法被用作局限性疾病患者的圍手術(shù)期工具，評估復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)和后續(xù)輔助治療方案。它們在EOC中的應(yīng)用仍需進(jìn)一步評估。
據(jù)我們所知，本研究是已知大的關(guān)于NACT后ctDNA值變化的研究（160名患者），患者腫瘤分期相似，從而減少了因腫瘤負(fù)荷差異導(dǎo)致的ctDNA濃度差異。血漿量是檢測ctDNA的主要限制因素。傳統(tǒng)方法的靈敏度閾值通常在0.1-1%之間。當(dāng)ctDNA含量極低時(shí)，突變型與野生型等位基因比率的定量可能較為困難，靈敏度可能不足。盡管如此，本研究中的BPER生物信息學(xué)分析使我們能夠?qū)GS技術(shù)的靈敏度閾值降低至檢測到0.1%的VAF，從而減少了假陰性結(jié)果的數(shù)量。
ctDNA已被證實(shí)是EOC的預(yù)后因素，本研究為這一觀點(diǎn)提供了更多數(shù)據(jù)支持。一個重要的挑戰(zhàn)是如何更廣泛地推廣這些技術(shù)。我們在臨床實(shí)踐中使用經(jīng)過驗(yàn)證的小型NGS panel檢測ctDNA。由于工作流程已發(fā)表并可在R軟件包中獲取，任何實(shí)驗(yàn)室使用該panel都不存在障礙。目前，對于轉(zhuǎn)移性或局部晚期腫瘤患者，ctDNA檢測主要用于診療。一旦臨床價(jià)值得到驗(yàn)證，并且為預(yù)測預(yù)后較差的患者提供替代治療策略，從診療轉(zhuǎn)變?yōu)轭A(yù)后檢測是可能的?？赡苄枰_展基于ctDNA在不同治療策略之間進(jìn)行選擇的前瞻性干預(yù)性臨床試驗(yàn)。
在CHIVA試驗(yàn)的這項(xiàng)輔助分析中，晚期EOC患者在NACT一個周期后ctDNA的早期下降與更好的預(yù)后相關(guān)。需要進(jìn)一步研究來提高檢測方法的性能，并明確這些技術(shù)在患者管理中的價(jià)值。這項(xiàng)隨機(jī)前瞻性II期臨床試驗(yàn)的結(jié)果支持繼續(xù)研究開發(fā)液體活檢作為早期判斷患者預(yù)后、調(diào)整治療策略的工具。對ctDNA進(jìn)行定量和定性研究，有望為患者管理提供豐富的早期且有用的信息。所研究的技術(shù)和策略需要統(tǒng)一，以更廣泛地評估這些方法對臨床實(shí)踐的貢獻(xiàn)。
