納米孔測序檢測呼吸道標(biāo)本對肺結(jié)核診斷準(zhǔn)確度的研究

結(jié)核病是由結(jié)核分枝桿菌在人類體內(nèi)引起的一種傳染病，對人類健康構(gòu)成重大威脅，在全球十大死亡原因中名列前茅。結(jié)核病一般分為肺結(jié)核和肺外結(jié)核，肺結(jié)核是臨床實(shí)踐中觀察到的常見的結(jié)核病類型，占所有結(jié)核病患者的近70%。肺結(jié)核仍然是結(jié)核病的主要傳播源。為了控制結(jié)核病的傳播并消除它，肺結(jié)核必須得到有效控制。控制肺結(jié)核的關(guān)鍵是早期識別，這使得早期有效治療成為可能。核酸擴(kuò)增試驗(yàn)的發(fā)展明顯提高了早期診斷結(jié)核病的能力。GeneXpert  MTB/RIF是臨床診斷結(jié)核病實(shí)踐中廣泛使用的核酸擴(kuò)增試驗(yàn)?；驕y序技術(shù)在結(jié)核病診斷中發(fā)揮了越來越關(guān)鍵的作用。由牛津納米孔公司開發(fā)的納米孔測序技術(shù)是第三代測序技術(shù)，是二代測序技術(shù)的潛在替代品。納米孔測序越來越多地被用于結(jié)核病，既往的研究表明它在預(yù)測結(jié)核分枝桿菌耐藥性方面有很好的準(zhǔn)確性；然而，它在早期結(jié)核病篩查中的應(yīng)用是有限的，特別是使用臨床標(biāo)本。因此，本研究的目的是評估使用呼吸道標(biāo)本的納米孔測序在肺結(jié)核早期診斷中的作用，并同時(shí)與抗酸桿菌涂片（簡稱“涂片”）、分枝桿菌培養(yǎng)（簡稱“培養(yǎng)”）和GeneXpert MTB/RIF進(jìn)行頭對頭比較。

方法

2022PUBLISH

在浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬杭州市胸科醫(yī)院浙江省結(jié)核病診治中心進(jìn)行一項(xiàng)回顧性研究。我們回顧了使用納米孔測序技術(shù)檢測的疑似肺結(jié)核患者的臨床數(shù)據(jù)，這些患者也接受了涂片、培養(yǎng)和GeneXpert MTB/RIF檢測。根據(jù)中華人民共和國衛(wèi)生行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)——《WS 288—2017肺結(jié)核診斷》，以培養(yǎng)結(jié)合臨床診斷作為金標(biāo)準(zhǔn)來評價(jià)相關(guān)試驗(yàn)的診斷準(zhǔn)確度。相關(guān)試驗(yàn)根據(jù)診斷試劑盒的相關(guān)說明進(jìn)行操作。使用SPSS 24.0軟件計(jì)算真陽性（TP）、假陽性（FP）、假陰性（FN）和真陰性（TN）值。使用MedCalc Statistical計(jì)算相關(guān)測試的敏感度、特異度、陽性預(yù)測值（PPV）、陰性預(yù)測值（NPV）和曲線下面積（AUC），評估相關(guān)試驗(yàn)的診斷準(zhǔn)確性。

結(jié)果

2022PUBLISH

研究納入164例患者，其中男性92例，占總患者數(shù)的56.1%。采集患者1份痰液或支氣管肺泡灌洗液標(biāo)本，共計(jì)獲得28份痰液標(biāo)本和136份灌洗液標(biāo)本。116例患者被診斷為肺結(jié)核，48例患者被診斷為非肺結(jié)核。

一、涂片、培養(yǎng)、GeneXpert MTB/RIF和納米孔測序的診斷準(zhǔn)確性

在肺結(jié)核患者標(biāo)本中，根據(jù)涂片、培養(yǎng)、GeneXpert MTB/RIF和納米孔測序分別有32、67、73和110份標(biāo)本報(bào)告為陽性結(jié)果；在非肺結(jié)核患者標(biāo)本中，這些數(shù)值分別為6、0、1和1。其中，涂片的總體敏感度（95%CI）、特異度（95%CI）、PPV（95%CI）、NPV（95%CI）和AUC（95%CI）分別為27.6%（19.7%～36.7%）、87.5%（74.8%～95.3%）、84.2%（68.8%～94.0%）、33.3%（25.2%～42.3%）和0.58（0.50～0.65）；培養(yǎng)的相應(yīng)數(shù)據(jù)分別為57.8%（48.2%～66.9%）、100.0%（92.6%～100.0%）、100.0%（94.6%～100.0%）、49.5%（39.2%～59.8%）和0.79（0.72～0.85）；GeneXpert MTB/RIF的相應(yīng)數(shù)值分別為62.9%（53.5%～71.7%）、97.9%（88.9%～100.0%）、98.7%（92.7%～100.0%）、52.2%（41.4%～62.9%）和0.80（0.74～0.86）；納米孔測序的相應(yīng)數(shù)值分別為94.8%（89.1%～98.1%）、97.9%（88.9%～100.0%）、99.1%（95.1%～100.0%）、88.7%（77.0%～95.7%）和0.96（0.92～0.99）。分別使用痰液和支氣管肺泡灌洗液標(biāo)本進(jìn)行4種檢驗(yàn)方法診斷肺結(jié)核的準(zhǔn)確度。

二、涂片、培養(yǎng)、GeneXpert MTB/RIF和納米孔測序的診斷準(zhǔn)確性的比較

在4種測試中，涂片的診斷準(zhǔn)確性低。納米孔測序的診斷準(zhǔn)確性高，明顯優(yōu)于培養(yǎng)和GeneXpert MTB/RIF（P值均＜0.05），見表2；GeneXpert MTB/RIF和培養(yǎng)的診斷準(zhǔn)確性均為中等，兩者間差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（P＞0.05）。此外，使用痰液和支氣管肺泡灌洗液標(biāo)本的診斷準(zhǔn)確率是相似的，當(dāng)同一試驗(yàn)在不同標(biāo)本上進(jìn)行時(shí)，兩者間差異均無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（數(shù)據(jù)基于表1，P值均>0.05）

結(jié)論

2022PUBLISH

使用臨床呼吸道標(biāo)本的納米孔測序?qū)Ψ谓Y(jié)核的診斷具有很好的診斷準(zhǔn)確性，明顯優(yōu)于GeneXpert MTB/RIF和培養(yǎng)。如果適用的話，本研究納米孔測序作為GeneXpert MTB/RIF的有效替代品，用于肺結(jié)核的初步檢測，以提高肺結(jié)核診斷的準(zhǔn)確性。